辣椒bZIP家族基因的鉴定与表达分析.pdf

园艺学报， 2018， 45 8 1535– 1550. Acta Horticulturae Sinica doi 10.16420/j.issn.0513-353x.2018-0033； http //www. ahs. ac. cn 1535 收稿日期 2018– 02– 22； 修回日期 2018– 07– 20 基金项目 国家现代农业产业技术体系建设专项资金项目（ CARS-24-A-14） * 通信作者 Author for correspondence（ E-mail ， ） 辣椒 bZIP 家族基因的鉴定与表达分析 魏瑞敏1,2，郑井元1，刘 峰1，马艳青1，李雪峰1，杨博智1，邹学校1，谢玲玲1,*，戴雄泽1,*（1湖南省蔬菜研究所，长沙 410125；2湖南大学研究生院隆平分院，长沙 410125） 摘 要 利用生物信息学的方法对辣椒 bZIP 家族基因进行全面鉴定与进化分析，并在此基础上对基因染色体定位、蛋白质保守基序和基因结构等进行分析，并通过 qRT-PCR 方法检测基因的组织表达模式和在 ABA 胁迫下的应答等。结果表明，从辣椒基因组中共鉴定出 54 个 bZIP 家族基因，这些基因分散分布在辣椒的 11 条染色体上；系统进化分析表明辣椒 bZIP 基因家族可以分为 10 组，每组所含有的基因数不等；该家族成员每个基因含有 0 11 个内含子； bZIP 家族基因具有不同的表达模式；外源激素 ABA 处理可以明显抑制或者激活该家族基因成员的表达。 关键词 辣椒； bZIP 基因家族；基因表达；进化分析 中图分类号 S 641.3 文献标志码 A 文章编号 0513-353X（ 2018） 08-1535-16 Genome Wide Identification and Expression Analysis of the bZIP Gene Family in Pepper WEI Ruimin， ZHENG Jingyuan， LIU Feng， MA Yanqing， LI Xuefeng， YANG Bozhi， ZOU Xuexiao，XIE Lingling*， and DAI Xiongze*（1Institute of Vegetable， Hunan Academy of Agricultural Sciences， Changsha 410125， China；2College of Longping，Graduate School of Hunan University， Changsha 410125， China） Abstract In this study， we systematically identified genes from the genome of pepper and elucidated their phylogenetic relationships by bioinatics. Based on the pepper whole genome sequence， CabZIP gene family chromosome location， conserved motif， gene structure， tissue-specific transcription patterns and response to ABA stress were analyzed. The results showed that a total of 54 CabZIP genes were identified and they were distributed on 11 chromosomes. The pepper bZIP gene family were divided into 10 groups and each of group included a range of genes. This gene family contained 0– 11 introns. The CabZIP gene family exhibited distinct expression pattern in different tissues. The CabZIP gene could be repressed or activated by ABA treatment. Those results will provide a foundation for further functional research on CabZIP genes in pepper. Keywords pepper； bZIP gene family； gene expression； phylogeny analysis 转录因子在植物的生长发育过程中发挥着重要的作用，其通过与相应基因启动子的结合来调节 Wei Ruimin， Zheng Jingyuan， Liu Feng， Ma Yanqing， Li Xuefeng， Yang Bozhi， Zou Xuexiao， Xie Lingling， Dai Xiongze. Genome wide identification and expression analysis of the bZIP gene family in pepper. 1536 Acta Horticulturae Sinica， 2018， 45 8 1535– 1550. 基因网络，从而激活或者抑制基因的表达。转录因子一般由 4 个区域 DNA 结合基序、转录激活基序、核定位信号和寡聚化位点（ Du et al.， 2012）共同作用来调控各种生物学过程。根据蛋白序列保守结构域的不同可以分为不同的转录因子家族，目前在植物中已经发现 64 种转录因子家族（ Perez-Rodriguez et al.， 2010） 。其中 bZIP（ basic leucine zipper）转录因子是真核生物中最保守、成员数量最多的家族之一，在人、动物、植物和微生物体中均有发现（ Nijhawan et al.， 2008） 。 bZIP 转录因子保守结构域大约有 60 80 个氨基酸残基组成，包含两个保守结构域碱性氨基酸区和亮氨酸拉链区（ Talanian et al.， 1990） 。碱性氨基酸区域位于 C 端，有 16 20 个保守的氨基酸残基组成，此结构域能够与特异的 DNA 序列结合；亮氨酸拉链区位于 N 端，由若干个重复七肽或者疏水性氨基酸残基组成，如甲硫氨酸、异亮氨酸和缬氨酸等，该结构域主要负责 bZIP 蛋白与DNA 结合之前的异源或同源二聚化（ Landschulz et al.， 1988； Ellenberger et al.， 1992） 。 目前发现了拟南芥中有 75 个 bZIP 转录因子家族成员 （ Jakoby et al.， 2002） 、 番茄 69 个 （ Li et al.，2015） 、水稻 89 个（ Nijhawan et al.， 2008） 、玉米 125 个（ Wei et al.， 2012） 、黄瓜 64 个（ Baloglu et al.， 2014） 、葡萄 55 个（ Liu et al.， 2014）和苹果 114 个（ Li et al.， 2016） 。 bZIP 转录因子参与植物的生长和发育，并且对生物和非生物胁迫都有一定的应答反应。 bZIP 蛋白参与器官和组织的分化过程，如种子的萌发、胚胎的发育和维管束细胞的扩张等（ Izawa et al.， 1994； Yin et al.， 1997； Walsh Freeling， 1999； Wigge et al.， 2005； Guan et al.， 2009； Toh et al.， 2012） 。 bZIP 蛋白的主要功能是调节基因的表达强度和对外界环境的胁迫产生相应的应答反应。在 ABA 胁迫下， bZIP 转录因子可与 ABA 诱导基因启动子结合调节下游靶基因的表达（ Fujita et al.， 2005） 。 bZIP 家族一些成员的功能已经得到验证，如干旱和外源 ABA 处理下水稻的 OsbZIP16 的转录表达被诱导（ Chen et al.，2012） ； 在干旱、 盐胁迫、 冷处理和 ABA 胁迫下 OsbZIP12 和 OsbZIP46 被诱导 （ Hossain et al.， 2010a，2010b） ； OsbZIP10 的表达不仅可以提高水稻抗逆性的代谢途径，而且可以影响其可育性（ Zou et al.，2008） ；在低温下， bZIP 的蛋白 LIP19 和 OsOBF1 相互作用可以结合 C/G 杂交序列（ Shimizu et al.，2005） 。番茄中， bZIP 的一个转录因子 SIAREB 参与对干旱和盐胁迫的反应（ Hsieh et al.， 2012） 。葡萄中，一些 bZIP 转录因子基因对热胁迫有一定的应答反应（ Liu et al.， 2012） ， VvbZIP23 的表达受非生物胁迫（如干旱、盐分和冷处理等）的影响（ Tak Mhatre， 2013） 。拟南芥中 AtbZIP9 参与调控叶片和维管束的发育（ Silveira et al.， 2007） ， AtbZIP46 参与调控花分生组织的大小和花器官的多少（ Chuang et al.， 1999） ，盐胁迫下， AtbZIP17 能直接或间接调控盐胁迫应答基因，从而可以参与到盐信号反应中 （ Liu et al.， 2007） ， AtbZIP60 参与内质网应激信号的转导途径等 （ Iwata Koizumi， 2005） 。 辣椒（ Capsicum annuum L.）全基因组测序的完成（ Kim et al.， 2014； Qin et al.， 2014） ，为进一步研究辣椒相关基因的功能及其相互之间的关系奠定了基础。 但目前有关辣椒 bZIP 转录因子家族的研究还未见报道。本研究中利用生物信息学的方法对辣椒 bZIP 转录因子家族成员进行鉴定，并对转录因子的基本信息、保守结构域、进化关系、染色体定位、组织器官表达、果实发育表达谱和非生物胁迫下的表达等进行分析， 旨在为进一步研究 bZIP 基因家族成员在辣椒正常生长发育过程中及逆境胁迫下的表达提供参考。 1 材料与方法 1.1 bZIP 转录因子家族成员的鉴定 分别从辣椒 Zunla-1 基因组数据库（ http //）、 CM334 基因组数据魏瑞敏，郑井元，刘 峰，马艳青，李雪峰，杨博智，邹学校，谢玲玲，戴雄泽 . 辣椒 bZIP 家族基因的鉴定与表达分析 . 园艺学报， 2018， 45 8 1535– 1550. 1537 库（ http //passport.pepper.snu.ac.kr/tPGENOME）和拟南芥数据库（ http //www.arabidopsis.org/）下载辣椒和拟南芥的 bZIP 转录因子家族蛋白序列。通过 iTAK 进行各种转录因子的鉴定和过滤，最终得到辣椒和拟南芥的 bZIP 转录因子家族成员。 利用在线工具 ExPASy（ http //web.expasy.org/protparam/） （ Artimo et al.， 2012）分析辣椒 bZIP转录因子家族成员的等电点、分子量和长度等生化属性。以辣椒 bZIP 基因组数据库比对拟南芥数据库，获得与拟南芥同源性最高的 bZIP 转录因子成员序列的完整信息。从辣椒 Zunla-1 基因组数据库（ http //）查询 bZIP 家族基因成员在每条染色体的位置及长度，并用生物学软件 MapInspect 绘制染色体物理定位图。 利用生物学软件 MEGA6.0 中的 Clustal W 程序将鉴定到的 Zunla-1 蛋白和拟南芥中的 bZIP 蛋白序列进行多重序列比对，并用最大似然法将所得到的比对结果构建辣椒与拟南芥的系统发育进化树（ Wang et al.， 2013； Yuan et al.， 2013； Zhou et al.， 2013；Jin et al.， 2014） 。根据所鉴定的辣椒的 bZIP 家族的蛋白序列和编码序列，通过 Perl 程序绘制 bZIP家族的基因结构图。利用在线网站 MEME（ http //meme-suit.org/index.html）预测辣椒 bZIP 蛋白的保守基序序列（ Jin et al.， 2014） 。 从 NCBI 数据库（ http //www.ncbi.nlm.nih.gov/gds/termzunla20rna-se）查询 Zunla-1 在不同时期的 RNA-Seq 数据，利用 Cufflink 和 Tophat 对辣椒各组织表达量的差异进行分析，最后用 R 软件绘制各组织器官的表达热图。 1.2 辣椒种植与取样 以辣椒品系‘ 6421’为材料，种子用次氯酸钠消毒后直接播种在温室，采用漂浮育苗法育苗，培养液为园试营养液（霍格兰， 2013） ，温室昼夜温度设置为 27 ℃ /18 ℃。取苗龄为 28 30 d 的幼苗移栽到玻璃温室。辣椒第 2 层花开花时，对每朵花进行挂牌和标注。当有一定数量的红熟果出现时分别取花后 3、 7、 10、 15、 20、 25、 30、 35、 40、 45、 50、 55 和 60 d 的果实样品。从花后 10 d开始把果实样品分为果肉、胎座和种子。每个时期取 10 个果实，重复 3 次。取后用锡箔纸包好迅速放入液氮中，– 80 ℃保存。 胁迫试验以辣椒‘ 6421’为材料，催芽后播种在穴盘中，在光照周期为 16 h/8 h（光 /暗） ，昼夜温度为 27 ℃ /18 ℃的人工气候室进行园试营养液培养。待其生长到 4 6 片真叶时，用 ABA（ 30 μmol L-1）溶液处理。分别于处理后 0、 0.5、 1、 3、 6、 12 和 24 h 取样。每个时间点 3 个重复，每个重复取 7 株幼苗的真叶，锡箔纸包好迅速放入液氮中，– 80 ℃保存备用。 1.3 qRT-PCR 分析 用植物总 RNA 提取试剂盒提取高质量的 RNA， 然后用逆转录试剂盒 （ TaKaRa） 反转录成 cDNA。利用 SYBR premix Ex Taq 试剂盒，进行 qRT-PCR，验证各基因在不同组织中的表达量，反应体系均以说明书为准。每个样品设计 3 个重复，以辣椒 Actin 为内参基因，使用 ΔCT值方法， ΔCT ［ Gene表达量– mean（ Actin） ］ /3，分别计算 bZIP 家族基因在各组织器官和幼叶中的相对表达量（ Jiang et al.， 2007； Ling et al.， 2011）。 2 结果与分析 2.1 辣椒 bZIP 基因家族成员基本信息 利用生物信息学的方法通过 iTAK 转录因子的鉴定等，从辣椒 Zunla-1 基因组数据库共获得 54Wei Ruimin， Zheng Jingyuan， Liu Feng， Ma Yanqing， Li Xuefeng， Yang Bozhi， Zou Xuexiao， Xie Lingling， Dai Xiongze. Genome wide identification and expression analysis of the bZIP gene family in pepper. 1538 Acta Horticulturae Sinica， 2018， 45 8 1535– 1550. 个 bZIP 转录因子家族成员，从 CM334 的基因组中共得到 53 个 bZIP 转录因子基因，其中有 5 个（ CA02g05650、 CA02g24850、 CA04g08520、 CA04g18620 和 CA09g00890）在 Zunla-1 中没有找到相对应的转录因子基因。 Zunla-1 中 bZIP 基因家族成员按照所在的染色体位置进行排序，本试验主要研究 Zunla-1 中 bZIP 转录因子基因的功能。 由表 1 可知， Zunla-1 中最长的辣椒 bZIP 蛋白 CabZIP51有 2 301个氨基酸残基， 而最短的 bZIP蛋白 CabZIP47含有 405个氨基酸残基； 等电点 5.15（ CabZIP20）到 10.12（ CabZIP9）不等；分子量从 15.48 kD（ CabZIP47）到 82.21 kD（ CabZIP51） 。其中，有 7个蛋白 （ Capana01g004107、 Capana02g000584、 Capana02g002941、 Capana04g001306、 Capana06g002349、Capana08g001245 和 Capana12g001341） 由于全基因组测序序列在组装的过程中可能发生拼接错误等原因，导致其只有一个基因 ID 号。 用辣椒 bZIP 转录因子家族成员的基因比对拟南芥基因组数据库，可以得到拟南芥中同源性最高的基因和 E 值（表 1） ，为利用拟南芥的研究结果指导研究辣椒 bZIP 基因家族提供了参考。 表 1 辣椒 bZIP 家族蛋白基本信息 Table 1 The basic ination of bZIP gene family in pepper 编号 Accession 基因组登录号 Gene accession No. 长度 /bp Length 大小 /aa Size 分子量 Molecular Weight 等电点 Isoelectricpoint 拟南芥同源蛋白 Arabidopsis homologous protein E 值 E-value登录号 Accession No. 名称 Name CabZIP1 CabZIP2 CabZIP3 CabZIP4 CabZIP5 CabZIP6 CabZIP7 CabZIP8 CabZIP9 CabZIP10 CabZIP11 CabZIP12 CabZIP13 CabZIP14 CabZIP15 CabZIP16 CabZIP17 CabZIP18 CabZIP19 CabZIP20 CabZIP21 CabZIP22 CabZIP23 CabZIP24 CabZIP25 CabZIP26 CabZIP27 CabZIP28 CabZIP29 CabZIP30 CabZIP31 CabZIP32 CabZIP33 CabZIP34 CabZIP35 CabZIP36 CabZIP37 CabZIP38 Capana00g001152/CA11g10980 Capana00g002726/CA11g02380 Capana00g003283/CA01g24080 Capana00g004511/CA04g21480 Capana00g004754/CA10g22430 Capana00g005021/CA12g10100 Capana01g000848/CA01g30040 Capana01g001143/CA10g21890 Capana01g001808/CA01g13280 Capana01g002897/CA06g00250 Capana01g004107 Capana01g004290/CA01g07960 Capana02g000410/CA02g22950 Capana02g000583/CA02g20420 Capana02g000584 Capana02g002659/CA02g05350 Capana02g002738/CA00g71910 Capana02g002941 Capana02g003210/CA05g12410 Capana04g000027/CA04g23540 Capana04g000253/CA04g23110 Capana04g000305/CA04g07280 Capana04g000700/CA04g17490 Capana04g001165/CA00g10990/ CA12g13050 Capana04g001306 Capana04g001383/CA04g13210 Capana05g000330/CA05g03080 Capana05g001071/CA02g26760 Capana06g000604/CA06g22960 Capana06g001669/CA06g12310 Capana06g002072/CA06g07980 Capana06g002309/CA06g07150 Capana06g002349 Capana07g001787/CA00g71840 Capana07g002145/CA07g17360 Capana08g000273/CA03g10440 Capana08g000456/CA08g10300 Capana08g001015/CA08g08010 1 056 597 423 501 1 056 1 173 729 2 136 666 435 1 041 606 1 158 657 735 1 053 435 666 543 861 1 377 504 423 1 089 816 1 035 1 194 579 1 509 963 1 272 726 1 056 921 909 489 861 1 272 351 198 140 166 351 390 242 711 221 144 346 201 385 218 244 350 144 221 180 286 458 167 140 362 271 344 397 192 502 320 423 214 351 306 302 162 286 423 39.03 22.97 16.22 19.17 39.03 43.86 26.15 77.52 25.41 16.50 38.20 21.59 42.23 24.03 26.81 37.58 16.39 25.84 20.99 32.27 49.58 19.38 16.39 41.13 29.70 37.69 44.96 22.28 55.73 35.69 46.20 24.13 38.69 34.99 33.77 17.66 31.74 45.09 8.95 5.55 5.94 8.57 8.40 5.56 6.00 7.58 10.12 5.73 5.44 6.38 6.53 9.18 9.72 5.38 7.92 9.00 5.73 5.15 8.37 5.68 6.65 7.75 5.19 6.47 6.24 5.61 7.03 7.90 6.01 8.92 6.07 5.52 5.64 9.60 6.03 6.16 AT1G49720 ABF1 AT3G30530 bZIP42 AT3G62420 bZIP53 AT1G75390 bZIP44 AT3G56850 AREB3 AT5G65210 TGA1 AT2G35530 bZIP16 AT2G40950 bZIP17 AT2G41070 bZIP12 AT3G62420 bZIP53 AT5G24800 bZIP9 AT2G35530 bZIP16 AT4G36730 GBF1 AT4G35900 bZIP14 AT4G35900 bZIP14 AT4G36730 GBF1 AT4G34590 bZIP11 AT4G37730 bZIP7 AT3G30530 bZIP42 AT1G42990 bZIP60 AT4G38900 bZIP AT1G75390 bZIP44 AT3G49760 bZIP5 AT1G77920 bZIP AT5G44080 bZIP AT1G43700 VIP1 AT5G10030 TGA4 AT3G30530 bZIP42 AT1G08320 VIP1 AT1G43700 VIP1 AT1G06070 bZIP AT2G40620 bZIP AT2G40620 bZIP AT2G42380 bZIP34 AT3G58120 bZIP61 AT5G11260 HY5， TED5 AT5G28770 bZIP63 AT2G46270 GBF3 2e-62 1e-35 4e-26 5e-28 2e-63 e-105 8e-54 e-114 4e-12 3e-38 5e-37 3e-49 6e-53 1e-31 5e-16 3e-74 3e-34 4e-24 6e-40 2e-19 1e-78 4e-37 8e-19 e-116 2e-32 2e-51 e-120 6e-36 e-152 4e-59 1e-91 4e-48 1e-84 7e-84 3e-66 1e-30 5e-38 1e-91 魏瑞敏，郑井元，刘 峰，马艳青，李雪峰，杨博智，邹学校，谢玲玲，戴雄泽 . 辣椒 bZIP 家族基因的鉴定与表达分析 . 园艺学报， 2018， 45 8 1535– 1550. 1539 续表 1 编号 Accession 基因组登录号 Gene accession No. 长度 /bp Length 大小 /aa Size 分子量 Molecular Weight 等电点 Isoelectricpoint 拟南芥同源蛋白 Arabidopsis homologous protein E 值 E-value登录号 Accession No. 名称 name CabZIP39 CabZIP40 CabZIP41 CabZIP42 CabZIP43 CabZIP44 CabZIP45 CabZIP46 CabZIP47 CabZIP48 CabZIP49 CabZIP50 CabZIP51 CabZIP52 CabZIP53 CabZIP54 Capana08g001245 Capana08g001614/CA08g12820 Capana08g001978/CA02g00960 Capana08g002366/CA00g41470 Capana08g002567/CA02g22070 Capana08g002639/CA00g58490 Capana08g002738/CA08g19310 Capana09g000631/CA09g07790 Capana10g000816/CA06g07270 Capana10g002168/CA10g18960 Capana10g002206/CA10g19380 Capana10g002376/CA10g20850 Capana10g002451/CA02g17700 Capana10g002513/CA10g18380 Capana11g002252/CA11g01500 Capana12g001341 1 383 417 759 1 191 513 1 602 975 903 405 1 338 1 392 1 461 2 301 990 1 380 1 047 460 138 252 396 170 533 324 300 134 445 442 486 766 329 459 348 49.44 15.52 27.25 43.05 19.40 58.10 35.10 34.07 15.48 49.05 49.83 55.17 82.21 36.45 50.19 39.59 7.79 9.51 5.31 9.28 5.93 6.44 5.82 5.56 9.92 7.15 6.39 6.27 5.88 8.57 5.87 6.62 AT5G28770 BZO2H3 AT3G62420 bZIP53 AT5G44080 bZIP AT4G34000 ABF3 AT4G34590 bZIP11 AT4G38900 bZIP AT2G16770 bZIP23 AT3G58120 bZIP61 AT1G06850 bZIP52 AT3G12250 bZIP45 AT5G06839 bZIP65 AT5G06839 bZIP65 AT2G40950 bZIP17 AT3G56850 AREB3 AT1G68640 PAN AT1G77920 bZIP 1e-52 1e-28 7e-19 1e-56 4e-34 e-111 1e-68 2e-67 4e-29 e-118 e-125 e-144 e-100 2e-76 3e-87 e-121 2.2 辣椒 bZIP 基因家族染色体定位信息分析 由图 1 可看出， 54 个辣椒 bZIP 家族基因分散分布在辣椒的 11 条染色体上，由于辣椒基因组 图 1 辣椒 bZIP 家族基因在染色体上的分布 Fig. 1 The chromosome location of the bZIP gene family in pepper Wei Ruimin， Zheng Jingyuan， Liu Feng， Ma Yanqing， Li Xuefeng， Yang Bozhi， Zou Xuexiao， Xie Lingling， Dai Xiongze. Genome wide identification and expression analysis of the bZIP gene family in pepper. 1540 Acta Horticulturae Sinica， 2018， 45 8 1535– 1550. 数据还不是特别完善，因此有些转录因子的定位信息还不清楚，本研究中把这些未定位基因暂时用Chr0 表示。由辣椒 bZIP 基因在染色体上的定位信息可得出以下结论 3 号染色体上没有转录因子的分布；分布在 8 号染色体上的转录因子数最多，有 10 个，其中有 8 个基因基本都分布在染色体的末端，大约位于 123.68 148.95 Mb 之间；其次分布在 2 号和 4 号染色体上分别有 7 个基因；而 9 号、11 号和 12 号染色体上的基因均只有 1 个，并且都位于染色体的末端，分别在大约 28.33、 216.44 和81.07 Mb 位置；分布在 1 号和 10 号染色体上的有 6 个基因，且 10 号染色体上有 5 个基因都位于染色体的末端，这 5 个基因在 200.06 205.25 Mb 之间； 6 号染色体上有 5 个基因，它们在染色体上的位置比较分散。 2.3 辣椒 bZIP 基因家族与拟南芥 bZIP 基因家族的同源进化关系 为更深入了解辣椒 bZIP 转录因子与拟南芥的同源进化关系，构建了辣椒与拟南芥的系统进化树，并且按照以前所报道的方法最大似然法（ Jakoby et al.， 2002； Nijhawan et al.， 2008； Baloglu et al.， 2014； Liu et al.， 2014； Liu Chu， 2015； Pourabed et al.， 2015； Wang et al.， 2015） ，根据拟南芥的分类特点（ Jakoby et al.， 2002）对其进行分组。由图 2 可知，可以把辣椒 bZIP 基因家族分为 A、 B、 C、 D、 E、 F、 G、 H、 I 和 S，共 10 个组。 F 组和 H 组所含有的辣椒 bZIP 成员数最少， 图 2 辣椒（ Ca）与拟南芥（ At）的同源进化关系 Fig. 2 The unrooted phylogenetic tree in pepper（ Ca） and Arabidopsis（ At） 魏瑞敏，郑井元，刘 峰，马艳青，李雪峰，杨博智，邹学校，谢玲玲，戴雄泽 . 辣椒 bZIP 家族基因的鉴定与表达分析 . 园艺学报， 2018， 45 8 1535– 1550. 1541 只有 1 个， C 组含有 2 个，而 S 组含有的成员数最多，有 12 个，其余 D、 I、 E、 B、 A 和 G 组分别有 9、 8、 3、 3、 7 和 8 个成员。 D 组有 3 对直系同源基因 CabZIP53/AtbZIP46、 CabZIP49/AtbZIP65和 CabZIP50/AtbZIP21， H 组中有一对直系同源基因 CabZIP36/AtbZIP56， I 组中有一对直系同源基因 CabIZP26/AtbZIP51， S 组中有一对直系同源基因 CabZIP40/AtbZIP11。 B、 C 和 E 组中各有一对旁系同源基因分别为、 CabZIP51/CabZIP8， CabZIP14/CabZIP15， CabZIP46/CabZIP34， A、 D、 G和 I 组各有两对旁系同源基因分别是 CabZIP25/CabZIP41 和 CabZIP9/CabZIP42、 CabZIP54/CabZIP24和 CabZIP27/CabZIP6、 CabZIP16/CabZIP38 和 CabZIP37/CabZIP39、 CabZI47/CabZIP33 和 CabZIP44/ CabZIP31， S 组含有 3 对旁系同源基因 CabZIP22/CabZIP43、 CabZIP3/CabZIP10、 CabZIP2/CabZIP19。 2.4 辣椒 bZIP 家族基因结构分析 每个基因的结构特别是内含子和外显子的数量和分布，可能与进化有着密切关系，如图 3 所示， 图 3 辣椒 bIZP 基因家族基因结构图 绿色表示结构域，红色是保守结构域， 0、 1 和 2 表示内含子